Fondée en 1772 par Carlos III comme l' Cabinet royal d'histoire naturelle. Une partie de la collection de ce musée est grâce à la dons de Pedro F. Dávila, un marchand culte de Guayaquil. En 1815, il fut nommé Musée royal des sciences naturelles. En 1887, il s'installe dans le Palais de l'industrie et des beaux-arts.
Depuis 1913, il porte le nom actuel. À l'intérieur, le musée se concentre sur la recherche, la description et la conservation de la diversité biologique et géologique du monde entier, pour laquelle il dispose de cinq départements spécialisés.
Sa fonction principale est la diffusion des sciences naturelles et le développement des aspects didactiques à travers des publications et des expositions. Le point de rencontre des études de recherche est Madrid.
En le visitant, vous pourrez connaître certains spécimens historiques tels que le mégatère, le diplodocus, les dioramas d'oiseaux et de mammifères, musée d'histoire naturelle, salle dédiée à la mer Méditerranée et une salle où sont rassemblées les pièces historiques les plus emblématiques du musée.
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